另一個威斯克
阿爾伯特·威斯克死亡，特里塞爾也算是跟着毀了，可誰也沒想到，那個2006年從斯賓塞藏身山莊跑路的“威斯克”，卻還在繼續着這個家族的野心。
這個威斯克名叫阿萊克絲，跑路後，她去了自己熟悉的塞恩島，早在2000年，她就來到了這裏做病毒研究，儘管後來阿萊克絲也產生了成爲上帝的妄想，但她卻有先天的不足，身患一種治不好的病，正在快速地走向死亡，在塞恩島上的實驗，正是爲了對抗死神。
阿萊克絲·威斯克（Alex Wisker）
阿萊克絲並沒有掌握從肉體上“治療”，甚至超人化自己的手段，但她擁有將自我意識數字化，然後轉移到別人身上的技術。現在的關鍵就在這個“別人”身上了，阿萊克絲當然不會隨隨便便找個普通的身體，她要的是超人的身體，爲了實現這一目標，她在塞恩島上研發了一種“t-恐懼病毒”，感染了這種病毒的人，只有當身處危及生命的事件時，仍能保持去甲腎上腺素水平在正常範圍，才能成爲超人，否則只能成爲醜陋的“污染者”。換句話說就是，感染恐懼病毒的你，不知道何爲恐懼，那就成了。
t-恐懼病毒（t-Phobos Virus）
可是，在這個世界上，連恐怖遊戲都不敢玩的人，終歸是佔絕大多數的，從哪兒去找這些大膽的實驗對象呢，就在阿萊克絲傷腦筋的時候，這個人出現了。
尼爾·費舍，泰拉塞弗的高級主管。泰拉塞弗是一個民間組織，是在各大官方組織對生化危機控制不力，甚至狼狽爲奸的情況下成立的。克萊爾·雷德菲爾德亦是其中一員。費舍在得知阿萊克絲手上有銜尾蛇病毒後，找到了她。費舍的動機好壞參半，好的是，他想用病毒樣本做出疫苗，壞的是，他藏有一點私心，不是單純的想治病救人，而是想通過這一善舉，重建FBC。正是這一點私心，讓他甘願出賣了11個泰拉塞弗的同事，他從下屬中篩選出了他認爲哪怕面臨死亡，也會泰然處之的備選，把名單交給了阿萊克絲，不過，名單裏也包括他自己。克萊爾因爲經歷過浣熊市事件，自然也“榜上有名”。
尼爾·費舍（Neil Fisher）
就這樣，在2011年的一天，費舍以泰拉塞弗的名義，舉辦了一場籌款晚宴，邀請了他要出賣的人，晚宴時，會場突然斷電，一羣全副武裝的人突襲了會場，通過藥物注射弄暈了大家。等克萊爾他們再次醒來時，已經被關到了塞恩島的監獄裏。
輔助恐懼病毒實驗的手環
克萊爾剛從牢房裏醒來，手腕上多出了一根手環，面前的鐵門也毫無徵兆地自動打開了，這反而有些蹊蹺，克萊爾走出牢門，找到了剛剛加入泰拉塞弗的好朋友莫伊拉·波頓。
莫伊拉·波頓（Moira Burton）
關押她們的地牢錯綜複雜，途中常常竄出一些變異了的人形怪物，兩人還目睹了一個同事在眼前死亡，死前她已經全身是血，情緒崩潰，死狀也十分詭異和悲慘。就在這位同事死亡後，兩人的手環裏突然傳出了一個女人的聲音，用頗具詩意的語言，指引他們去一個叫“沃瑟克”的小酒館。趕到那個地方後，克萊爾見到了剩下幾名倖存的同事。手環中再次傳出那個女人的聲音，大家這個時候才知道，手環的作用，就是實時監控他們的恐懼程度，而牢房大門之所以自己開了，是因爲抓他們來的人，並不想關押他們，而是要把他們丟進危機四伏的環境，測試他們恐懼的閾值。
而那個女人，正是阿萊克絲，她的遊戲正式開始，島上的變異怪物被釋放，並迅速往沃瑟克聚攏，克萊爾的同事當中，有人因太過恐懼，發生了可怕的變異。最終，逃出這波屍潮侵襲的，除了提前跟大家分開，去修直升機的那個，就只剩下了克萊爾、莫伊拉和費舍，但費舍卻跟兩個女孩走散了。
在等待飛機修好的間隙裏，克萊爾和莫伊拉一邊繼續探索小島，以獲得更多對生存有用的信息，一邊尋找可能還活着的同事，在一間廢棄的廠房，兩人遇到了小女孩娜塔莉亞·科爾塔。
娜塔莉亞·科爾塔（Natalia Korda）
科爾塔是浮島事件的受害者，曾目睹雙親被故意釋放的生化武器殺死，成爲孤兒的她被解救後，住在泰拉塞弗的孤兒院，由於童年的創傷，科爾塔的情感感知，大大異於常人，也包括對恐怖的反應，這也是爲什麼，一個看起來膽子不會太大的小姑娘，會被費舍列上出賣名單，而來到島上後，她獨處這段事件裏的情緒變化，更是讓阿萊克絲直接把她敲定成了最佳人選。
於是，在阿萊克絲引爆唯一能用於逃跑的直升機，沖天的火焰吸引了所有人注意力的時候，科爾塔被人捂住嘴，悄悄帶走了。在阿萊克絲的實驗室，科爾塔被固定在一個特定裝置上，裝置被降入深深的地下，在那裏，她不會被阿萊克絲即將開啓的自毀程序波及，安全地成爲對方意識地“容器”。科爾塔會在6個月後醒來，但那時，除了外貌，她將徹底變成阿萊克絲。
科爾塔將成爲阿萊克絲意識的容器
另一面，經過一路搜尋，克萊爾和莫伊拉距離阿萊克絲的祕密越來越近，兩人在一座倉庫中的監控上，看到費舍和阿萊克絲正在對話，從而瞭解了兩人的勾當，但阿萊克絲並沒有按照約定，給費舍一份銜尾蛇病毒樣本，而是直接讓費舍感染了這個病毒。
克萊爾和莫伊拉發現了費舍的祕密
在克萊爾和莫伊拉不得不殺掉變成怪物的費舍後，阿萊克絲的全息影像突然出現在兩人面前，一番瘋言瘋語後，她竟然舉槍自殺了，並因此觸發了自毀爆炸倒計時。這一幕讓我想起了那位男版威斯克在克哥面前的假死，現在女版威斯克在克妹面前的這一出表演，其實也是假死。
但阿萊克絲的計劃出現了一點小紕漏，原本，通過某種特殊的意識傳輸裝置，她數字化的意識，會在死後，傳輸到科爾塔身上，但就在自殺的瞬間，阿萊克絲產生了深深的恐懼，不巧，她早前也讓自己感染過恐懼病毒，病毒“捕捉”到了這種恐懼，讓她免於死亡，卻成了怪物。
但在克萊爾和莫伊拉的視角中，塞恩島上的邪惡，馬上就要隨着爆炸灰飛煙滅了，兩人當務之急就是逃跑。此時，她們身處的地方分崩離析，隨時都可能徹底塌陷，劇烈的震動卻讓她們舉步維艱，緊急關頭，莫伊拉決定犧牲自己，奮力將克萊爾推了出去。
不過，莫伊拉並沒有“犧牲”，雖然她被倒下的廢墟壓住，而跟她隔着一座斷橋的克萊爾也無計可施，只好先獨自游出大海，去尋找救援，但莫伊拉還是頑強的活了下來。
救了莫伊拉的葉甫根尼·雷比奇（Evgeny Rebic）
大多數時間裏，莫伊拉看起來都唯唯諾諾，甚至連槍都不敢開，不過，這主要是因爲她小時候玩槍不小心打中了妹妹，留下了心理陰影。而她的父親，正是初代《生化危機》裏，跟吉爾並肩作戰的巴里·波頓，因爲童年的心結，被青春期的叛逆發酵，莫伊拉跟父親的關係一直很差，但這次在島上，她被原住民葉甫根尼·雷比奇救下，這位老父親是阿萊克絲瘋狂實驗的倖存者，尋找失蹤的女兒是支撐他活下去的唯一動力，莫伊拉不但從他那裏學到了很多在島上活下去的方法，也從這位孤獨的老父親身上，開始理解父愛。荒島求生的打獵生活，也慢慢解除了她對開槍的恐懼。
其實在塞恩島之外，也有一位老父親——巴里，在苦苦尋找女兒，在從克萊爾那裏獲得有限的信息後，巴里同BSAA一起，經過長達6個月的努力，終於大致定位到了塞恩島，巴里等不及BSAA的行動，心急如焚地他獨自駕船登島，還沒找到女兒，卻先遇到了科爾塔。
科爾塔和巴里
發現科爾塔在6個月前見過莫伊拉之後，巴里不顧科爾塔口中女兒已經死了的言論，執意要求她帶自己去最後見過莫伊拉的地方。
時隔半年，那個早已變成廢墟的地方，根本沒有半點人氣，隨着一種詭異氣息的靠近，一個人不人鬼不鬼的身影，於黑暗中露出了她慘白的臉，當然，那張臉也僅有一半有那麼一點人樣，但這人樣，也早已看不出半點跟阿萊克絲有關的地方了。
被恐懼病毒變得不人不鬼的阿萊克絲
阿萊克絲來此的目標並不是巴里，而是科爾塔。在過去的半年裏，阿萊克絲一直活在矛盾中，原本她將在科爾塔的身體中“活過來”，但事實卻變成了，“原本”的那個她還活着，新的她也即將出現，一旦科爾塔醒來，世界上就有兩個她了。這種情況讓她越想越膈應，終於，在半年期限快到時，她終於下定決心，殺死這個替身，但科爾塔卻不在原來的地方了。
找到了科爾塔後，阿萊克絲髮現這個小女孩身上，並沒有半點她的個性，這反而讓她更加生氣了，跟“冒牌貨”比起來，一個失敗的實驗品，是她更加無法接受的。
可是巴里的出現，給除掉科爾塔增加了難度，爲了保證計劃順利實施，阿萊克絲用銜尾蛇病毒感染了自己，變醜的同時也變強了，巴里不再是她的對手，科爾塔也被死死掐住了脖子。生死關頭，莫伊拉趕到，開槍救下了科爾塔。很快，克萊爾也趕到，她用火箭筒徹底結束了阿萊克絲罪惡的一生。
科爾塔後來被巴頓收養，跟莫伊拉情同姐妹，但是，科爾塔的大腦裏，真的沒有半點阿萊克絲的意識嗎？那個數字傳輸實際上已經完成了，沒有顯現出來，只是因爲科爾塔的自我意識足夠強大，可誰能保證，在她的腦中，此消彼長的事情不會發生呢……
東歐生化疑雲
阿萊克絲在塞恩島爲一己私慾搞事情時，東歐更是因爲發現了新油田，亂成了一鍋粥，這個發現石油的的地區是哥薩克自治區，屬於東斯拉夫共和國，這個國家曾經常年處於動亂中，因爲極少數的富人掌握着國家權力，占人口多數被剝奪了公民權的窮人，發動了起義，在斯維特蘭娜·貝里科娃任總統期間，她通過外交手段結束了叛亂，並賦予了貧窮的哥薩克地區自治權，權力下放給議會，由伊萬·朱達諾維奇負責該地區的管理。
東斯拉夫共和國（East Slavic Republic）
這對東斯拉夫來說，無疑是一件好事，直到油田的發現，激起了人們的貪慾。2010年11月，貝里科娃派政府軍進駐哥薩克，遭到了朱達諾維奇民兵的反抗，總統將這些民兵的抵抗定性爲恐怖主義，此宣佈一出，對此虎視眈眈的美俄兩國立刻介入，爲了分一杯石油羹，兩國支持東斯拉夫政府的反恐行動，美方派出了特工，潛入哥薩克進行調查。
此後，一系列的衝突，將該地區的矛盾徹底激化。
總統斯維特蘭娜·貝里科娃（Svetlana Belikova）
但貝里科娃政府的鎮壓，真得那麼有底氣嗎？答案爲否，隨着事件的發酵，她的合法性不一定站得住腳，貝里科娃覺得必須未雨綢繆，提前把合法性的條件製造出來。跟當年美國攻打伊拉克時，放出了大規模殺傷性武器的說法一樣，貝里科娃也想到了，要讓叛軍擁有大規模殺傷性武器，她，主動給叛軍提供了特里塞爾製造的生化武器，當然不是直給，她直給，叛軍也不敢要不是。所以，她先搞出了一家所謂的公司，以這家公司的名號，給叛軍下套。
關鍵點就在他們提供的一款變種控制型普拉卡，這款普拉卡被故意埋下了缺陷，會導致宿主慢慢失去自控能力，從而進行無差別攻擊。跟所有背地裏悄悄打生化武器算盤的前輩一樣，貝里科娃政府這次也是玩火自焚，2011年，東斯拉夫出現了變異怪物的情報，再也壓不住了，美國派出了經驗豐富的里昂，前往東斯拉夫調查，里昂剛到不久，美國便宣佈跟東斯拉夫斷交，並命令美國公民緊急撤離。對生化武器深惡痛絕的里昂，自然不會在調查不清不楚時離開，他堅持要繼續深入。
接下來的一切都不太順利，里昂的線人被舔食者殺死，他自己遭遇爆炸昏迷後，被叛軍俘虜，不過，此時叛軍內部也出現了大問題，一方面，政府軍殺到了這裏，叛軍領袖朱達諾維奇、重要成員——外號“巴迪”的柯查琴科，JD，再加上里昂，只能先統一陣線，一塊兒逃跑了；接下來，朱達諾維奇又出了問題，他體內有缺陷的控制型普拉卡，開始侵蝕他的大腦，巴迪只好殺掉他，取而代之了他的領袖職責。
伊萬·朱達諾維奇（Ivan Judanovich）
成爲叛軍領袖後，巴迪下定了孤注一擲的決心，在明知控制型普拉卡的危險性後，他依然感染了自己，這樣他就可以繼續控制舔食者B型，攻擊總統府。
大概沒有人能想到，一位消失許久的里昂的故人，已經明目張膽地打入了總統府內部。艾達王此次行動受僱於德里克·西蒙斯，這個人是現任美國總統的老朋友，外勤行動支援部（FOS）的總指揮，這個部門的主要工作，是給各類美國特工提供支援，協調各特工單位之間的合作，可以說，是個看似不那麼起眼，卻十分重要的存在。
艾達的任務目標，是拿到東斯拉夫研發的新普拉卡樣本，她的僞裝身份，是聯合國代表和BSAA顧問，不過身經百戰的總統也非等閒之輩，她從一開始便對艾達抱有戒備，所以在次日早上，便識破了艾達的身份，不僅如此，總統的武力值也不容小覷，在雙方撕破臉後，竟然在總統辦公室戰得有來有回。
“巴迪”亞歷山大·柯查琴科（Alexander Kozachenko）
總統府外，巴迪控制舔食者的總攻，也發動了，艾達本想趁亂逃離，卻被總統啓動的機關，一起帶到地下。里昂一路追蹤巴迪，試圖阻止他犯下更大的錯誤，也輾轉來到了總統府地下，同艾達再度相遇。艾達向里昂揭示了她探究出的一個重要信息：總統貝里科娃正是東斯拉夫目前局面的始作俑者，正是她在利用分裂主義謀取政治利益。
隨後，整個總統府亂作一團，爲了壓制鋪天蓋地的舔食者，總統放出了大量的暴君，早已完成任務的艾達，消失在了混亂中，里昂則只能跟巴迪協作，從暴君的圍堵中，殺出一條血路。
總統貝里科娃顯然對自己的生化武器具有120%的信心，於是，在混亂尚未完全結束時，她便迫不及待地準備起了記者招待會，殊不知，美俄兩國聯合軍事行動的鐵蹄，已經踏上了這片領土，在他們的空中力量支援下，貝里科娃的生化隊伍終於被摧毀，她的政治生涯也面臨着完結。
東斯拉夫暫時歸於了平靜，爲了政治理想，以身試毒的巴迪，也在里昂的鼓勵和醫學的幫助下，活了下來，雖然他的後半生將在輪椅上度過，但有和平的曙光照在臉上，他感到心滿意足。
可是，這表面的平和之下，總有些令人違和的感覺，首先，跟以往的所有生化災難一樣，真相再次被掩蓋；其次，當BSAA關注到艾達王在此次事件中的動向，並準備調出她的相關資料對其進行調查時，那些資料卻離奇消失。2012年年底，“艾達王”的身影，似乎又在另一個東歐國家，伊東尼亞共和國出現了，並且她帶着一種全新的病毒，準備大開殺戒……
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