在浣熊市被消毒後，生化武器對這個世界的影響並未消散，反而在隨後三十年中愈演愈烈，持續發酵，將全世界拖入泥潭。
在逃離浣熊市後，里昂與克萊爾分開，克里斯在歐洲多國之間輾轉調查保護傘與吉爾和克萊爾失去了聯絡，於是克萊爾前去歐洲尋找克里斯，被保護傘的假信息誤導，在潛入保護傘巴黎分部的大樓時被保安隊長拉瓦爾抓獲，後被對方押送囚禁於洛克福德島（代號維羅妮卡）。
吉爾在加拿大修養過後也前往歐洲尋找失聯的克里斯。
而里昂和雪莉則被美軍保護性拘留，在與時任美國官員的亞當·本福德（生化危機6的總統）進行未公開交易過後，以自己成爲特工爲代價，換取美國政府保證雪莉·柏金的安全，而實際上，雪莉被當作了醫學觀察的樣本，被**後當作重要樣本觀察研究，而訓練中的里昂則被CIA嚴密監控。
在此期間，里昂結識了美國陸軍特種部隊出身的傑克·克勞薩。
1998年11月22日，浣熊市事件一個多月後，作爲保護傘暴君生產基地的希納島突然爆發大規模病毒泄露，起因是工廠負責人文森特·高曼在工廠內違規操作，從世界各地綁架青少年，對他們進行無麻醉活體解剖，只爲獲得生產暴君所需要一種名爲β異-非血清素，此事被保護傘安插在島上的間諜發現，因希納島與外界無法通訊，間諜打算在下週保護傘高層到訪小島時將證據交給高管，文森特·高曼得知消息後釋放病毒與生化武器打算將證據銷燬。最終希納島在自毀裝置下與工廠一同毀滅。（生化危機：槍下游魂）
1998年12月上旬，克萊爾被押送到洛克福德島囚禁。
洛克福德島是保護傘三大創始人之一的愛德華阿什福德所屬的阿什福德家族的私產，現任主人爲創始人愛德華的孫子，愛德華兒子亞歷山大的兒子，阿爾弗雷德阿什福德，他還有一個妹妹，名叫阿萊克希亞阿什福德，兄妹兩人並非亞歷山大婚生子女，而是亞歷山大在保護傘南極研究所內，爲了振興家族而通過DNA克隆技術製作出的雙胞胎克隆人。
DNA來自於阿什福德家族的創始人的木乃伊，那是一位誕生在19世紀中葉的，名爲維羅妮卡阿什福德的女性，阿什福德家族的貴族頭銜正是被她爭取到的。她上知天文下知地理，精通數學，生物學，還精通多國語言，年僅十歲就成爲碩士，是名副其實的天才。因此，此項目被亞歷山大命名爲代號：維羅妮卡。
這對兄妹中，只有妹妹阿萊克西亞是成功的，她在十歲時就成爲了保護傘公司南極基地的首席高級研究員。而身爲哥哥的阿爾弗雷德的智商只比普通人高一些，但是兩人都有共同的致命缺陷，他們兄妹對生命極度漠視。
時間回溯到1983年1月，12歲的阿爾弗雷德在自己父親亞歷山大的密室裏發現兄妹倆誕生的祕密，他將這個祕密告訴了妹妹阿萊克西亞，兩人對亞歷山大不再信任。
1983年3月3日，12歲的阿萊克西亞通過將始祖病毒與祖父愛德華髮現的蟻后基因結合，再融合植物的DNA，成功製造出了T維羅妮卡病毒，得到消息的亞歷山大十分欣喜，但同時也發現兄妹二人在逐漸疏遠自己，爲了防止出現病毒和雙胞胎失控的情況，亞歷山大開始祕密研究反BOW武器-電磁炮，並對此武器設置了自動啓動程序。
不久後，阿爾弗雷德爲了讓妹妹阿萊克西亞開心，將父親亞歷山大囚禁了起來，阿萊克西亞遂開始利用父親亞歷山大進行T維羅妮卡病毒的人體實驗。
1983年4月22日，因亞歷山大對T維羅妮卡病毒的排異反應異常嚴重，人體實驗失敗，被兄妹倆關入了地下牢房，成爲了名爲諾斯費拉圖的BOW。
爲了對T維羅妮卡病毒進行進一步的研究，阿萊克西亞決定用自己當作宿體，將病毒注射進了自己的體內，並通過冷凍身體的方式降低病毒活性，讓病毒緩慢與身體融合，如果計劃順利，在漫長的時間過後，阿萊克西亞將會與T維羅妮卡病毒完全融合，成爲超人。
1993年12月，大學畢業的阿爾弗雷德來到洛克福德島，接任洛克福德島保護傘反BOW部隊訓練基地總司令，同時擔任南極研究所所長。（此基地爲漢克曾經的訓練場所）
因失去了所有親人，阿爾弗雷德的內心徹底扭曲，產生了精神問題，還在內心扭曲出了一個妹妹阿萊克西亞人格。他在洛克福德島裏虐待監獄中的囚犯取樂，虐待過後會將犯人拿去自己在島上設置的臨時實驗室裏做病毒實驗，隨着他的興奮閾值逐漸升高，阿爾弗雷德不再滿足於囚犯，而是將目光放在了島內的保護傘員工身上。
1998年10月，浣熊市事件曝光後，阿爾弗雷德在儲存有T維羅妮卡病毒的南極研究所內裝設了自爆裝置，但同時也設定了在自爆裝置啓動時，研究所內所有門禁全部失效的後門，方便自己逃跑。
1998年12月，死神漢克奉命從南極研究所押運一隻正體不明的BOW前往洛克福德島，任務完成後離開。
1998年12月27日晚，阿爾伯特威斯克爲了獲得T維羅妮卡病毒，帶領自己的新東家，也是保護傘敵對公司HFC的一支名爲樣本回收部隊（Hive-Host Capture Force），簡稱HCF部隊的精銳突襲了洛克福德島，使用轟炸機對島內設施進行了轟炸，爆炸摧毀了島上的臨時實驗室，大量病毒泄露感染了保護傘的員工，同時還有大量的獵殺者β出逃，開始襲擊倖存者。
在襲擊發生之後，克萊爾被受傷的，良知尚存的拉瓦爾釋放，開始逃亡。
同夜，逃亡的克萊爾遇到了因父親盜取保護傘機密遭到報復，與父親一起被囚於克洛福德島監獄的史蒂夫·伯恩賽德，兩人結伴逃亡。
在逃亡的路上，克萊爾在電腦中發現了保護傘一直在暗中監視所有逃出浣熊市的STARS倖存者，這也是她會在巴黎分部被抓獲的原因，在這之後克萊爾利用保護傘的電腦向里昂發送了求救郵件，希望對方聯繫克里斯。
兩人在逃亡的路上遇到了身穿女裝的阿萊克西亞人格的阿爾弗雷德，一路跟隨對方進入了島上的阿什福德公館，在這裏克萊爾和史蒂夫短暫分開，克萊額又見到了換回男裝的阿爾弗雷德，被對方當作威斯克的內應，被壓制在掩體後方，因爲打不到克萊爾，感到無趣的阿爾弗雷德自行離開，克萊爾見狀追了過去，卻被對方騙入了反BOW部隊所用的訓練場，與BOW戰鬥後克萊爾逃了出去，然後再次遭遇男裝阿爾弗雷德，再次與對方短暫交火後，阿爾弗雷德再次逃跑，克萊爾再次追了過去，被對方困在了臨時實驗室中，遭遇了攫速者bow，被對方抓住即將殺死時被趕來的史蒂夫救下。
兩人結伴逃出實驗室後，準備找阿爾弗雷德算賬，於是再次來到公館，在這裏克萊爾發現了放自己出來的拉瓦爾所需要的藥物，於是吩咐史蒂夫繼續尋找阿爾弗雷德，她帶着藥回到了牢房，拿到藥物後的拉瓦爾告訴克萊爾在公館的地下有一間機庫。
離開牢房返回公館的克萊爾在正門遭遇了阿爾伯特威斯克，被對方暴打，而後威斯克收到情報，T維羅妮卡病毒並不在洛克福德島上，而是在南極研究所內，於是威斯克又踢了克萊爾一腳後離開了公館。
克萊爾進入公館後，遭遇了女裝的阿萊克西亞人格的阿爾弗雷德，又險些被對方槍擊，好在史蒂夫及時趕到將克萊爾救下。
兩人一路追擊阿爾弗雷德，最後在公館頂層找到了阿萊克西亞人格的阿爾弗雷德，交戰時對方的假髮掉落，阿爾弗雷德看到鏡子中穿女裝的自己精神崩潰逃入密道，啓動了實驗室的自毀程序，並釋放了漢克押送來的神祕BOW-T078型暴君。
克萊爾兩人在擊敗暴君後，來到機庫奪取了島上的大型運輸機，打算讓會開飛機的史蒂夫駕駛飛機逃離島嶼，但是運輸機被阿爾弗雷德遠程操控，飛往了南極研究所。
1998年12月28日凌晨，從洛克福德島逃出的倖存的保護傘員工抵達南極研究所，但是他們的動向早就被威斯克摸清，他事先在南極研究所投放了病毒，倖存的保護傘員工剛出狼口又入虎穴。
1998年12月28日上午，克萊爾兩人迫降在了南極研究所。
1998年12月28日上午，阿爾弗雷德駕駛機庫中的鷂式戰鬥機來到南極研究所追殺克萊爾兩人，在與兩人交火後身中數槍，墜下懸崖。
同時，因感受到血親遭遇生命危險，變異成諾斯費拉圖的亞歷山大甦醒，從南極研究所的地下監牢中逃出，開始追殺克萊爾兩人。
1998年12月28日中午，重傷的阿爾弗雷德拖着瀕死的身體找到了南極研究所深處的阿萊克西亞的冷凍倉，將阿萊克西亞提前喚醒。
1998年12月28日中午，克萊爾兩人暫時擊退了亞歷山大，坐上雪地車逃離基地。
1998年12月28日中午，甦醒的阿萊克西亞將哥哥阿爾弗雷德安置在冷凍倉後，開始追殺克萊爾和史蒂夫兩人，操控觸手將兩人連帶雪地車都拖回了南極研究所。將T維羅妮卡病毒注入了史蒂夫體內，觀察史蒂夫的變化。
1998年12月28日夜，從里昂處得知妹妹被囚禁在洛克福德島的克里斯離開歐洲趕到了島上，從懸崖的一處洞口進入了島嶼的原住民先祖墓地，在這裏遇到了拉瓦爾，從對方口中得知了妹妹克萊爾已經乘坐飛機逃出了島嶼，但是具體去向不明，隨後拉瓦爾遭遇沙蟲Bow重傷，最終身爲島嶼原住民的拉瓦爾在克里斯的面前懺悔自己爲了保住原住民先祖墓地而爲保護傘幹髒活後死去。
克里斯在島上尋找線索時被尚未離島的威斯克發現，兩人交手，克里斯被威斯克暴打，並告知對方克萊爾前往了南極研究所，就在要掐死克里斯時，被阿萊克西亞通過監控打斷，阿萊克西亞在得知克萊爾和克里斯是兄妹後，想要觀察這對兄妹和自己這對有什麼不同，於是將克萊爾囚禁了起來，並阻止威斯克殺死克里斯。
震驚於阿萊克西亞一直在監視自己的威斯克將克里斯摔向BOW休眠艙後乘坐潛艇趕往南極研究所。
1998年12月28日深夜，擊殺休眠艙中的攫速者bow後，克里斯一路輾轉來到了地下機庫，看到了一架剩餘的鷂式戰鬥機，駕駛戰鬥機飛往南極研究所。
1998年12月29日清晨，克里斯抵達南極研究所，在研究所中尋找克萊爾，過程中不小心將被放入冷凍倉的瀕死阿爾弗雷德釋放了出來，阿爾弗雷德死亡。
克里斯一路尋找，來到了南極研究所內一處酷似阿什福德公館的地方，在大廳找到了被困在蟲繭裏的克萊爾，將對方救出後，阿萊克西亞出現在兩人面前，告知了克里斯T維羅妮卡病毒的存在，並向克萊爾挑釁，說史蒂夫還在等她，隨後怪笑着控制觸手再次將兄妹二人分開，克里斯跌落一樓扭傷腳踝，示意克萊爾別管自己先去找史蒂夫。
分開後的克萊爾循着聲音找到了被注射了病毒的史蒂夫，史蒂夫因無法與病毒融合而變異，開始追殺克萊爾，阿萊克西亞控制觸手抓住了逃跑的克萊爾，想要讓史蒂夫將克萊爾殺死，而與克萊爾一起逃亡多時的史蒂夫早已對克萊爾心生情愫，在最後關頭利用僅存的神智將纏住克萊爾的觸手斬斷，而他也被觸手打成重傷，在向克萊爾表達了心中的愛意後死亡。
同時，克里斯躲在大廳石柱的後方，見到了趕來南極研究所的威斯克，此時阿萊克西亞也再次現身，兩人開始交手，在威斯克發現自己無法力敵阿萊克西亞後，他假裝與克里斯爲朋友忽悠阿萊克西亞，接着威斯克逃出公館，將阿萊克西亞交給克里斯對付。
擊敗阿萊克西亞後，克里斯開始尋找克萊爾，發現克萊爾被鎖在一間房屋內，從克萊爾口中得知南極研究所啓動自爆系統所有門禁都會自動解鎖後，拿着克萊爾手中的權限卡打開了自爆裝置。
克萊爾脫困後兩人一起前往克里斯降落的機庫，打算乘坐鷂式戰鬥機離開，但是被阿萊克西亞阻止，兩人與阿萊克西亞陷入苦戰，阿萊克西亞隨着戰鬥的進行，對T維羅妮卡的病毒的掌控越發完善，就在千軍一發之際，亞歷山大生前所設置的自動程序啓動，反BOW武器-電磁炮被啓動。
克里斯讓克萊爾先行前往機庫，自己則使用電磁炮將阿萊克西亞擊殺。
擊殺阿萊克西亞後的克里斯前往機庫，卻發現威斯克此時挾持了克萊爾，並帶着克萊爾向基地外趕去，克里斯見狀也追了過去。
三人來到基地外圍後，威斯克將克萊爾釋放，並表示自己挾持克萊爾就是爲了把克里斯引過來和他單挑，克里斯再次將克萊爾勸去機庫後，獨自面對威斯克。
克里斯再次被威斯克一通吊打，千鈞一髮之際克里斯注意到了在他們頭頂有被吊機吊起的工字鋼，於是克里斯找準機會將吊機鬆開，威斯克被工字鋼砸倒但並無大礙，剛剛起身還沒站穩，又被基地自毀裝置的爆炸炸到，一旁牆壁上的巨型燃氣管也倒在兩人中間，濃烈的火焰將兩人隔開，威斯克向克里斯放完狠話後，看着克里斯離開了這裏。
1998年12月29日中午，威斯克乘坐潛艇逃離南極研究所，克里斯與克萊爾兩人也順利駕駛鷂式戰鬥機飛離研究所。
同時，南極研究所被爆炸夷爲平地。
1999年-2001年
克里斯，吉爾和巴瑞三人四處奔走收集保護傘犯罪證據，給正在進行的對保護傘的訴訟添磚加瓦。
克萊爾加入了非政府組織TerraSave，開始救助因生物武器受害的平民。（該組織在生化危機惡化cg電影中登場）
2000年，巴勒斯坦內戰中出現始祖病毒投放，引起國際關注，推動國際反病毒武器法成立。
南美大軍閥哈維爾·伊達爾戈爲了治療女兒瑪努艾拉的罕見遺傳病，從威斯克手中購得T維羅妮卡病毒，威斯克告知對方在感染後的前15年，通過人爲干預來抑制病毒的擴散，便能讓病毒和宿體共生。
由於雙方都沒有掌握阿萊克西亞的冷凍技術，於是大軍閥哈維爾另闢蹊徑，開始給女兒瑪努艾拉進行器官替換手術，不斷的替換掉被病毒侵蝕過深的器官，在他控制下的地區裏，所有年紀和瑪努艾拉相仿的少女都被抓來用作活體器官的供體。瑪努艾拉在知道真相後離家出走，逃進了村裏，而哈維爾則認爲是有人綁架了自己的女兒，開始瘋狂的在周圍投放病毒。
2002年某月，里昂和克勞薩潛入南美一小國調查這裏發生的生化危機事件；他們在教堂內遇到了一個叫瑪努艾拉·伊達爾戈的少女。
未完待續
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