在浣熊市被消毒后，生化武器对这个世界的影响并未消散，反而在随后三十年中愈演愈烈，持续发酵，将全世界拖入泥潭。
在逃离浣熊市后，里昂与克莱尔分开，克里斯在欧洲多国之间辗转调查保护伞与吉尔和克莱尔失去了联络，于是克莱尔前去欧洲寻找克里斯，被保护伞的假信息误导，在潜入保护伞巴黎分部的大楼时被保安队长拉瓦尔抓获，后被对方押送囚禁于洛克福德岛（代号维罗妮卡）。
吉尔在加拿大修养过后也前往欧洲寻找失联的克里斯。
而里昂和雪莉则被美军保护性拘留，在与时任美国官员的亚当·本福德（生化危机6的总统）进行未公开交易过后，以自己成为特工为代价，换取美国政府保证雪莉·柏金的安全，而实际上，雪莉被当作了医学观察的样本，被**后当作重要样本观察研究，而训练中的里昂则被CIA严密监控。
在此期间，里昂结识了美国陆军特种部队出身的杰克·克劳萨。
1998年11月22日，浣熊市事件一个多月后，作为保护伞暴君生产基地的希纳岛突然爆发大规模病毒泄露，起因是工厂负责人文森特·高曼在工厂内违规操作，从世界各地绑架青少年，对他们进行无麻醉活体解剖，只为获得生产暴君所需要一种名为β异-非血清素，此事被保护伞安插在岛上的间谍发现，因希纳岛与外界无法通讯，间谍打算在下周保护伞高层到访小岛时将证据交给高管，文森特·高曼得知消息后释放病毒与生化武器打算将证据销毁。最终希纳岛在自毁装置下与工厂一同毁灭。（生化危机：枪下游魂）
1998年12月上旬，克莱尔被押送到洛克福德岛囚禁。
洛克福德岛是保护伞三大创始人之一的爱德华阿什福德所属的阿什福德家族的私产，现任主人为创始人爱德华的孙子，爱德华儿子亚历山大的儿子，阿尔弗雷德阿什福德，他还有一个妹妹，名叫阿莱克希亚阿什福德，兄妹两人并非亚历山大婚生子女，而是亚历山大在保护伞南极研究所内，为了振兴家族而通过DNA克隆技术制作出的双胞胎克隆人。
DNA来自于阿什福德家族的创始人的木乃伊，那是一位诞生在19世纪中叶的，名为维罗妮卡阿什福德的女性，阿什福德家族的贵族头衔正是被她争取到的。她上知天文下知地理，精通数学，生物学，还精通多国语言，年仅十岁就成为硕士，是名副其实的天才。因此，此项目被亚历山大命名为代号：维罗妮卡。
这对兄妹中，只有妹妹阿莱克西亚是成功的，她在十岁时就成为了保护伞公司南极基地的首席高级研究员。而身为哥哥的阿尔弗雷德的智商只比普通人高一些，但是两人都有共同的致命缺陷，他们兄妹对生命极度漠视。
时间回溯到1983年1月，12岁的阿尔弗雷德在自己父亲亚历山大的密室里发现兄妹俩诞生的秘密，他将这个秘密告诉了妹妹阿莱克西亚，两人对亚历山大不再信任。
1983年3月3日，12岁的阿莱克西亚通过将始祖病毒与祖父爱德华发现的蚁后基因结合，再融合植物的DNA，成功制造出了T维罗妮卡病毒，得到消息的亚历山大十分欣喜，但同时也发现兄妹二人在逐渐疏远自己，为了防止出现病毒和双胞胎失控的情况，亚历山大开始秘密研究反BOW武器-电磁炮，并对此武器设置了自动启动程序。
不久后，阿尔弗雷德为了让妹妹阿莱克西亚开心，将父亲亚历山大囚禁了起来，阿莱克西亚遂开始利用父亲亚历山大进行T维罗妮卡病毒的人体实验。
1983年4月22日，因亚历山大对T维罗妮卡病毒的排异反应异常严重，人体实验失败，被兄妹俩关入了地下牢房，成为了名为诺斯费拉图的BOW。
为了对T维罗妮卡病毒进行进一步的研究，阿莱克西亚决定用自己当作宿体，将病毒注射进了自己的体内，并通过冷冻身体的方式降低病毒活性，让病毒缓慢与身体融合，如果计划顺利，在漫长的时间过后，阿莱克西亚将会与T维罗妮卡病毒完全融合，成为超人。
1993年12月，大学毕业的阿尔弗雷德来到洛克福德岛，接任洛克福德岛保护伞反BOW部队训练基地总司令，同时担任南极研究所所长。（此基地为汉克曾经的训练场所）
因失去了所有亲人，阿尔弗雷德的内心彻底扭曲，产生了精神问题，还在内心扭曲出了一个妹妹阿莱克西亚人格。他在洛克福德岛里虐待监狱中的囚犯取乐，虐待过后会将犯人拿去自己在岛上设置的临时实验室里做病毒实验，随着他的兴奋阈值逐渐升高，阿尔弗雷德不再满足于囚犯，而是将目光放在了岛内的保护伞员工身上。
1998年10月，浣熊市事件曝光后，阿尔弗雷德在储存有T维罗妮卡病毒的南极研究所内装设了自爆装置，但同时也设定了在自爆装置启动时，研究所内所有门禁全部失效的后门，方便自己逃跑。
1998年12月，死神汉克奉命从南极研究所押运一只正体不明的BOW前往洛克福德岛，任务完成后离开。
1998年12月27日晚，阿尔伯特威斯克为了获得T维罗妮卡病毒，带领自己的新东家，也是保护伞敌对公司HFC的一支名为样本回收部队（Hive-Host Capture Force），简称HCF部队的精锐突袭了洛克福德岛，使用轰炸机对岛内设施进行了轰炸，爆炸摧毁了岛上的临时实验室，大量病毒泄露感染了保护伞的员工，同时还有大量的猎杀者β出逃，开始袭击幸存者。
在袭击发生之后，克莱尔被受伤的，良知尚存的拉瓦尔释放，开始逃亡。
同夜，逃亡的克莱尔遇到了因父亲盗取保护伞机密遭到报复，与父亲一起被囚于克洛福德岛监狱的史蒂夫·伯恩赛德，两人结伴逃亡。
在逃亡的路上，克莱尔在电脑中发现了保护伞一直在暗中监视所有逃出浣熊市的STARS幸存者，这也是她会在巴黎分部被抓获的原因，在这之后克莱尔利用保护伞的电脑向里昂发送了求救邮件，希望对方联系克里斯。
两人在逃亡的路上遇到了身穿女装的阿莱克西亚人格的阿尔弗雷德，一路跟随对方进入了岛上的阿什福德公馆，在这里克莱尔和史蒂夫短暂分开，克莱额又见到了换回男装的阿尔弗雷德，被对方当作威斯克的内应，被压制在掩体后方，因为打不到克莱尔，感到无趣的阿尔弗雷德自行离开，克莱尔见状追了过去，却被对方骗入了反BOW部队所用的训练场，与BOW战斗后克莱尔逃了出去，然后再次遭遇男装阿尔弗雷德，再次与对方短暂交火后，阿尔弗雷德再次逃跑，克莱尔再次追了过去，被对方困在了临时实验室中，遭遇了攫速者bow，被对方抓住即将杀死时被赶来的史蒂夫救下。
两人结伴逃出实验室后，准备找阿尔弗雷德算账，于是再次来到公馆，在这里克莱尔发现了放自己出来的拉瓦尔所需要的药物，于是吩咐史蒂夫继续寻找阿尔弗雷德，她带着药回到了牢房，拿到药物后的拉瓦尔告诉克莱尔在公馆的地下有一间机库。
离开牢房返回公馆的克莱尔在正门遭遇了阿尔伯特威斯克，被对方暴打，而后威斯克收到情报，T维罗妮卡病毒并不在洛克福德岛上，而是在南极研究所内，于是威斯克又踢了克莱尔一脚后离开了公馆。
克莱尔进入公馆后，遭遇了女装的阿莱克西亚人格的阿尔弗雷德，又险些被对方枪击，好在史蒂夫及时赶到将克莱尔救下。
两人一路追击阿尔弗雷德，最后在公馆顶层找到了阿莱克西亚人格的阿尔弗雷德，交战时对方的假发掉落，阿尔弗雷德看到镜子中穿女装的自己精神崩溃逃入密道，启动了实验室的自毁程序，并释放了汉克押送来的神秘BOW-T078型暴君。
克莱尔两人在击败暴君后，来到机库夺取了岛上的大型运输机，打算让会开飞机的史蒂夫驾驶飞机逃离岛屿，但是运输机被阿尔弗雷德远程操控，飞往了南极研究所。
1998年12月28日凌晨，从洛克福德岛逃出的幸存的保护伞员工抵达南极研究所，但是他们的动向早就被威斯克摸清，他事先在南极研究所投放了病毒，幸存的保护伞员工刚出狼口又入虎穴。
1998年12月28日上午，克莱尔两人迫降在了南极研究所。
1998年12月28日上午，阿尔弗雷德驾驶机库中的鹞式战斗机来到南极研究所追杀克莱尔两人，在与两人交火后身中数枪，坠下悬崖。
同时，因感受到血亲遭遇生命危险，变异成诺斯费拉图的亚历山大苏醒，从南极研究所的地下监牢中逃出，开始追杀克莱尔两人。
1998年12月28日中午，重伤的阿尔弗雷德拖着濒死的身体找到了南极研究所深处的阿莱克西亚的冷冻仓，将阿莱克西亚提前唤醒。
1998年12月28日中午，克莱尔两人暂时击退了亚历山大，坐上雪地车逃离基地。
1998年12月28日中午，苏醒的阿莱克西亚将哥哥阿尔弗雷德安置在冷冻仓后，开始追杀克莱尔和史蒂夫两人，操控触手将两人连带雪地车都拖回了南极研究所。将T维罗妮卡病毒注入了史蒂夫体内，观察史蒂夫的变化。
1998年12月28日夜，从里昂处得知妹妹被囚禁在洛克福德岛的克里斯离开欧洲赶到了岛上，从悬崖的一处洞口进入了岛屿的原住民先祖墓地，在这里遇到了拉瓦尔，从对方口中得知了妹妹克莱尔已经乘坐飞机逃出了岛屿，但是具体去向不明，随后拉瓦尔遭遇沙虫Bow重伤，最终身为岛屿原住民的拉瓦尔在克里斯的面前忏悔自己为了保住原住民先祖墓地而为保护伞干脏活后死去。
克里斯在岛上寻找线索时被尚未离岛的威斯克发现，两人交手，克里斯被威斯克暴打，并告知对方克莱尔前往了南极研究所，就在要掐死克里斯时，被阿莱克西亚通过监控打断，阿莱克西亚在得知克莱尔和克里斯是兄妹后，想要观察这对兄妹和自己这对有什么不同，于是将克莱尔囚禁了起来，并阻止威斯克杀死克里斯。
震惊于阿莱克西亚一直在监视自己的威斯克将克里斯摔向BOW休眠舱后乘坐潜艇赶往南极研究所。
1998年12月28日深夜，击杀休眠舱中的攫速者bow后，克里斯一路辗转来到了地下机库，看到了一架剩余的鹞式战斗机，驾驶战斗机飞往南极研究所。
1998年12月29日清晨，克里斯抵达南极研究所，在研究所中寻找克莱尔，过程中不小心将被放入冷冻仓的濒死阿尔弗雷德释放了出来，阿尔弗雷德死亡。
克里斯一路寻找，来到了南极研究所内一处酷似阿什福德公馆的地方，在大厅找到了被困在虫茧里的克莱尔，将对方救出后，阿莱克西亚出现在两人面前，告知了克里斯T维罗妮卡病毒的存在，并向克莱尔挑衅，说史蒂夫还在等她，随后怪笑着控制触手再次将兄妹二人分开，克里斯跌落一楼扭伤脚踝，示意克莱尔别管自己先去找史蒂夫。
分开后的克莱尔循着声音找到了被注射了病毒的史蒂夫，史蒂夫因无法与病毒融合而变异，开始追杀克莱尔，阿莱克西亚控制触手抓住了逃跑的克莱尔，想要让史蒂夫将克莱尔杀死，而与克莱尔一起逃亡多时的史蒂夫早已对克莱尔心生情愫，在最后关头利用仅存的神智将缠住克莱尔的触手斩断，而他也被触手打成重伤，在向克莱尔表达了心中的爱意后死亡。
同时，克里斯躲在大厅石柱的后方，见到了赶来南极研究所的威斯克，此时阿莱克西亚也再次现身，两人开始交手，在威斯克发现自己无法力敌阿莱克西亚后，他假装与克里斯为朋友忽悠阿莱克西亚，接着威斯克逃出公馆，将阿莱克西亚交给克里斯对付。
击败阿莱克西亚后，克里斯开始寻找克莱尔，发现克莱尔被锁在一间房屋内，从克莱尔口中得知南极研究所启动自爆系统所有门禁都会自动解锁后，拿着克莱尔手中的权限卡打开了自爆装置。
克莱尔脱困后两人一起前往克里斯降落的机库，打算乘坐鹞式战斗机离开，但是被阿莱克西亚阻止，两人与阿莱克西亚陷入苦战，阿莱克西亚随着战斗的进行，对T维罗妮卡的病毒的掌控越发完善，就在千军一发之际，亚历山大生前所设置的自动程序启动，反BOW武器-电磁炮被启动。
克里斯让克莱尔先行前往机库，自己则使用电磁炮将阿莱克西亚击杀。
击杀阿莱克西亚后的克里斯前往机库，却发现威斯克此时挟持了克莱尔，并带着克莱尔向基地外赶去，克里斯见状也追了过去。
三人来到基地外围后，威斯克将克莱尔释放，并表示自己挟持克莱尔就是为了把克里斯引过来和他单挑，克里斯再次将克莱尔劝去机库后，独自面对威斯克。
克里斯再次被威斯克一通吊打，千钧一发之际克里斯注意到了在他们头顶有被吊机吊起的工字钢，于是克里斯找准机会将吊机松开，威斯克被工字钢砸倒但并无大碍，刚刚起身还没站稳，又被基地自毁装置的爆炸炸到，一旁墙壁上的巨型燃气管也倒在两人中间，浓烈的火焰将两人隔开，威斯克向克里斯放完狠话后，看着克里斯离开了这里。
1998年12月29日中午，威斯克乘坐潜艇逃离南极研究所，克里斯与克莱尔两人也顺利驾驶鹞式战斗机飞离研究所。
同时，南极研究所被爆炸夷为平地。
1999年-2001年
克里斯，吉尔和巴瑞三人四处奔走收集保护伞犯罪证据，给正在进行的对保护伞的诉讼添砖加瓦。
克莱尔加入了非政府组织TerraSave，开始救助因生物武器受害的平民。（该组织在生化危机恶化cg电影中登场）
2000年，巴勒斯坦内战中出现始祖病毒投放，引起国际关注，推动国际反病毒武器法成立。
南美大军阀哈维尔·伊达尔戈为了治疗女儿玛努艾拉的罕见遗传病，从威斯克手中购得T维罗妮卡病毒，威斯克告知对方在感染后的前15年，通过人为干预来抑制病毒的扩散，便能让病毒和宿体共生。
由于双方都没有掌握阿莱克西亚的冷冻技术，于是大军阀哈维尔另辟蹊径，开始给女儿玛努艾拉进行器官替换手术，不断的替换掉被病毒侵蚀过深的器官，在他控制下的地区里，所有年纪和玛努艾拉相仿的少女都被抓来用作活体器官的供体。玛努艾拉在知道真相后离家出走，逃进了村里，而哈维尔则认为是有人绑架了自己的女儿，开始疯狂的在周围投放病毒。
2002年某月，里昂和克劳萨潜入南美一小国调查这里发生的生化危机事件；他们在教堂内遇到了一个叫玛努艾拉·伊达尔戈的少女。
未完待续
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