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假如二戰的結果是納粹勝利，我們將會面對一個怎麼樣的世界？
1946 年 7 月 6 日，盟軍飛行編隊駛過波羅的海面上空，在破曉之際打響了決定人類命運的一場關鍵戰鬥。
於本位面不同，在這裏納粹擁有了遠超時代的先進軍事力量，使得戰爭嚮往截然不同的方向走去。盟軍與其他國家的軍隊面對壓倒性的實力差距節節敗退，眼見着整個世界都即將被納粹的鐵蹄踩在腳下。
在這絕望的困境下，盟軍以犧牲了大量特工爲代價，獲取到了納粹軍隊武裝與科技研究的領頭人 ——「死顱將軍」的所在地。盟軍高層推斷如果能摧毀死顱及其研究資料，就能有效切斷納粹的裝備供給線，給各地方軍隊製造轉機。
爲了完成斬首行動，盟軍集結了現有的大量精銳部隊，以及主角威廉.布萊茲科維奇（玩家們則喜歡稱爲BJ或者恐怖威廉）
然而，盟軍的這次行動從一開始就落入了「死顱將軍」的陷阱，一番苦戰後，BJ和他的戰友被俘，死顱爲了羞辱BJ，在他面前殺害了一名隊友、甚至還以病態的方式褻瀆對方的屍體。之後他設下了機關，將 BJ 等人留在即將爆炸的實驗室裏等死。（這段劇情真真切切的體現出納粹的殘忍，毫無人性，菲爾古斯和懷亞特二選一，沒有被選中的會被死顱殘忍殺害）
BJ雖然在最後關頭撿回一條命，但是在跳入海中逃亡之前一塊被爆炸震飛的鐵片切劃傷了 BJ 的後腦勺。於此BJ昏迷了數十年之久，再次醒來之時，納粹的新秩序已然籠罩世界。
醒來後的BJ經過一段時間，經歷了逃離精神病院（從這裏結識了女主安雅），營救反抗軍，奪取U艇，從月球基地取得核彈密碼後，正當一切開始變好的時候，恩格爾小姐帶着納粹士兵突襲了反抗軍的基地，馬克斯哈斯與麥克斯的生離死別。
最終，反抗軍殘部向「死顱將軍」的城堡進發，即爲“重返德軍總部”，在苦戰後，BJ登上了城堡的最高層與死顱對峙，在打敗之前被死顱殘忍殺害並奴役大腦的戰友後，擊敗了駕駛機甲的死顱，最後的關頭，當BJ選擇用刀處決「死顱將軍」時，被死顱藏在手中的手榴彈炸成重傷
重傷的BJ爬到窗口，向下望去，安雅手持提燈引領被納粹關押的人們撤離，在目送運輸直升機遠去後，確認了核彈發射的指令，至此《重返德軍總部：新秩序》完結
BJ在目送安雅引領人們的時候有這樣一段獨白“一位堅強的女性提着一把火炬，她的火焰就是被囚禁的閃電般，而她的名字就是自由女神，請你讓我爲你承受疲憊、讓我爲你承受貧苦，而你要帶領着民衆去呼吸自由的氣息。將所有的災厄、孤獨、不安…都留給我吧…”
向在反法西斯戰爭中犧牲的英烈致敬。
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劇情的補充部分哦
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