观前提示，本文含有一定剧透要素，请自行选择观看。
假如二战的结果是纳粹胜利，我们将会面对一个怎么样的世界？
1946 年 7 月 6 日，盟军飞行编队驶过波罗的海面上空，在破晓之际打响了决定人类命运的一场关键战斗。
于本位面不同，在这里纳粹拥有了远超时代的先进军事力量，使得战争向往截然不同的方向走去。盟军与其他国家的军队面对压倒性的实力差距节节败退，眼见着整个世界都即将被纳粹的铁蹄踩在脚下。
在这绝望的困境下，盟军以牺牲了大量特工为代价，获取到了纳粹军队武装与科技研究的领头人 ——「死颅将军」的所在地。盟军高层推断如果能摧毁死颅及其研究资料，就能有效切断纳粹的装备供给线，给各地方军队制造转机。
为了完成斩首行动，盟军集结了现有的大量精锐部队，以及主角威廉.布莱兹科维奇（玩家们则喜欢称为BJ或者恐怖威廉）
然而，盟军的这次行动从一开始就落入了「死颅将军」的陷阱，一番苦战后，BJ和他的战友被俘，死颅为了羞辱BJ，在他面前杀害了一名队友、甚至还以病态的方式亵渎对方的尸体。之后他设下了机关，将 BJ 等人留在即将爆炸的实验室里等死。（这段剧情真真切切的体现出纳粹的残忍，毫无人性，菲尔古斯和怀亚特二选一，没有被选中的会被死颅残忍杀害）
BJ虽然在最后关头捡回一条命，但是在跳入海中逃亡之前一块被爆炸震飞的铁片切划伤了 BJ 的后脑勺。于此BJ昏迷了数十年之久，再次醒来之时，纳粹的新秩序已然笼罩世界。
醒来后的BJ经过一段时间，经历了逃离精神病院（从这里结识了女主安雅），营救反抗军，夺取U艇，从月球基地取得核弹密码后，正当一切开始变好的时候，恩格尔小姐带着纳粹士兵突袭了反抗军的基地，马克斯哈斯与麦克斯的生离死别。
最终，反抗军残部向「死颅将军」的城堡进发，即为“重返德军总部”，在苦战后，BJ登上了城堡的最高层与死颅对峙，在打败之前被死颅残忍杀害并奴役大脑的战友后，击败了驾驶机甲的死颅，最后的关头，当BJ选择用刀处决「死颅将军」时，被死颅藏在手中的手榴弹炸成重伤
重伤的BJ爬到窗口，向下望去，安雅手持提灯引领被纳粹关押的人们撤离，在目送运输直升机远去后，确认了核弹发射的指令，至此《重返德军总部：新秩序》完结
BJ在目送安雅引领人们的时候有这样一段独白“一位坚强的女性提着一把火炬，她的火焰就是被囚禁的闪电般，而她的名字就是自由女神，请你让我为你承受疲惫、让我为你承受贫苦，而你要带领着民众去呼吸自由的气息。将所有的灾厄、孤独、不安…都留给我吧…”
向在反法西斯战争中牺牲的英烈致敬。
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剧情的补充部分哦
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