故事開始於地面作戰會議，得益於早期女神部隊加入戰場和萊徹作戰，人類部隊初步獲勝，但是少數勝利在大局的節節敗退面前不值一提。於是人類聯軍開始尋找萊徹的源頭，也就是太空電梯，爲了根絕萊徹的源頭人類集結剩餘力量包括女神部隊和新的童話型機體，也就是第二代女神部隊前往太空天梯作戰。
小紅帽則是告訴了新來的小女孩紅蓮自己已經被侵蝕，小紅帽打算把這次作戰作爲告別之戰，被侵蝕的結果就是同類相殘，而對小紅帽來說這是她不願意看到的結局，在她面前的路很簡單，戰死沙場，或者回到家鄉等待最後的時刻。
這對大家來說都是殘忍的。
相比起同爲人類時是王牌飛行員的莉莉絲，被譽爲下一任女教皇的長髮公主，桃樂絲是著名政客的女兒，白雪公主則是機械工程大師，就連紅蓮也是劍術天才，只有小紅帽是出身街區的小混混，小紅帽覺得自己是女神部隊最沒用的人，所以希望自己離開得很安靜，於是把自己的播放器留給小白雪，但是小白雪認爲這是死者臨終的囑託，拒絕了小紅帽。
而前往接應灰姑娘的作戰中，灰姑娘所處的研究所已經被萊徹摧毀，灰姑娘也失蹤了，在研究所發現了萊徹試圖融合妮姬的產物，可以看成了早期異端者的研發過程，紅白兩人逐漸和解，小紅帽也就答應白雪會暫時留在部隊裏。
而不幹人事的方舟下達了處決小紅帽的命令，當時的指揮官肯定不幹，另一邊小白雪無法面對侵蝕發作的小紅帽，她無論再天才也是一個孩子，一旦小紅帽被完全侵蝕，勢必要面臨被處決，和小紅帽最要好的白雪害怕最後開槍的那個人會是自己，在紅蓮的開解下小白雪鼓起勇氣去面對小紅帽，而小紅帽在長髮公主的治療下暫時緩了過來。
所謂人之將死其言也善，帽子在臨死之前做了很多大好事，比如給聖女大人看黃書之類的。
但是小紅帽還是暗中決定要離開，不是因爲害怕死亡，而是因爲讓同伴處決自己對同伴來說太過殘忍。
接應灰姑娘失敗，女神部隊沒有選擇，只能獨自前往太空電梯展開作戰，清空萊徹後女神部隊正搭乘電梯前往太空，卻發現被侵蝕變成異端者的灰姑娘正在天空攔截女神部隊，因爲被打擊的距離實在太遠，女神部隊根本攻擊不到灰姑娘，而灰姑娘的武器擁有的吸收敵人攻擊反射的特性也能剋制遠程打擊，因爲斬首萊徹女王的行動宣告失敗了，既然攻擊失敗就轉向防禦，人類開始全面轉向方舟建設地下城市，而小紅帽也到了極限，既然沒能戰死，剩下的就是難以面對的被侵蝕的命運，她最終還是決定要離開了，爲了避免被同伴擊斃落淚的場面，小紅帽還是決意離開。
與此同時人類聯軍的戰況急轉直下，爲了掩護人類撤退女神部隊作最後的火力吸引，萊徹也察覺到人類的撤退開始襲擊方舟入口，短短的時間有兩百多次的襲擊，全靠女神部隊苦苦支撐。
遠處歸鄉的小紅帽在旅程中救下了對女神部隊充滿了憧憬的難民，在奧斯華等人的鼓勵下小紅帽決意回到部隊和大家好好告別，趕回去的時候正好遇到灰姑娘襲擊女神部隊，於是小紅帽解決了沒有莉莉絲後女神部隊的人不是一階段就是三階段開不出爆裂導致被爆打的情況，把灰姑娘打敗後和大家好好告別再離去。
故事主要是講了一位出身街區的混混英雄爲人類而戰後告別隊友的故事。
當然也有很多劇情埋下的伏筆，比如異端者的誕生方式、侵蝕的設定、女神部隊還是人類時各自的身份、當時小紅帽對隊員們的諄諄善誘導致後來各自逐漸變態等等
我們之間不適合哭哭啼啼的告別，因爲再相見的時候會很難爲情吧。
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