故事开始于地面作战会议，得益于早期女神部队加入战场和莱彻作战，人类部队初步获胜，但是少数胜利在大局的节节败退面前不值一提。于是人类联军开始寻找莱彻的源头，也就是太空电梯，为了根绝莱彻的源头人类集结剩余力量包括女神部队和新的童话型机体，也就是第二代女神部队前往太空天梯作战。
小红帽则是告诉了新来的小女孩红莲自己已经被侵蚀，小红帽打算把这次作战作为告别之战，被侵蚀的结果就是同类相残，而对小红帽来说这是她不愿意看到的结局，在她面前的路很简单，战死沙场，或者回到家乡等待最后的时刻。
这对大家来说都是残忍的。
相比起同为人类时是王牌飞行员的莉莉丝，被誉为下一任女教皇的长发公主，桃乐丝是著名政客的女儿，白雪公主则是机械工程大师，就连红莲也是剑术天才，只有小红帽是出身街区的小混混，小红帽觉得自己是女神部队最没用的人，所以希望自己离开得很安静，于是把自己的播放器留给小白雪，但是小白雪认为这是死者临终的嘱托，拒绝了小红帽。
而前往接应灰姑娘的作战中，灰姑娘所处的研究所已经被莱彻摧毁，灰姑娘也失踪了，在研究所发现了莱彻试图融合妮姬的产物，可以看成了早期异端者的研发过程，红白两人逐渐和解，小红帽也就答应白雪会暂时留在部队里。
而不干人事的方舟下达了处决小红帽的命令，当时的指挥官肯定不干，另一边小白雪无法面对侵蚀发作的小红帽，她无论再天才也是一个孩子，一旦小红帽被完全侵蚀，势必要面临被处决，和小红帽最要好的白雪害怕最后开枪的那个人会是自己，在红莲的开解下小白雪鼓起勇气去面对小红帽，而小红帽在长发公主的治疗下暂时缓了过来。
所谓人之将死其言也善，帽子在临死之前做了很多大好事，比如给圣女大人看黄书之类的。
但是小红帽还是暗中决定要离开，不是因为害怕死亡，而是因为让同伴处决自己对同伴来说太过残忍。
接应灰姑娘失败，女神部队没有选择，只能独自前往太空电梯展开作战，清空莱彻后女神部队正搭乘电梯前往太空，却发现被侵蚀变成异端者的灰姑娘正在天空拦截女神部队，因为被打击的距离实在太远，女神部队根本攻击不到灰姑娘，而灰姑娘的武器拥有的吸收敌人攻击反射的特性也能克制远程打击，因为斩首莱彻女王的行动宣告失败了，既然攻击失败就转向防御，人类开始全面转向方舟建设地下城市，而小红帽也到了极限，既然没能战死，剩下的就是难以面对的被侵蚀的命运，她最终还是决定要离开了，为了避免被同伴击毙落泪的场面，小红帽还是决意离开。
与此同时人类联军的战况急转直下，为了掩护人类撤退女神部队作最后的火力吸引，莱彻也察觉到人类的撤退开始袭击方舟入口，短短的时间有两百多次的袭击，全靠女神部队苦苦支撑。
远处归乡的小红帽在旅程中救下了对女神部队充满了憧憬的难民，在奥斯华等人的鼓励下小红帽决意回到部队和大家好好告别，赶回去的时候正好遇到灰姑娘袭击女神部队，于是小红帽解决了没有莉莉丝后女神部队的人不是一阶段就是三阶段开不出爆裂导致被爆打的情况，把灰姑娘打败后和大家好好告别再离去。
故事主要是讲了一位出身街区的混混英雄为人类而战后告别队友的故事。
当然也有很多剧情埋下的伏笔，比如异端者的诞生方式、侵蚀的设定、女神部队还是人类时各自的身份、当时小红帽对队员们的谆谆善诱导致后来各自逐渐变态等等
我们之间不适合哭哭啼啼的告别，因为再相见的时候会很难为情吧。
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