《宝可梦朱紫》二周目大致流程为视察八个道馆战胜八个馆主，然后参与激斗校园大赛，最后还可以开启6星太晶团体战。详细介绍如下：
一、道馆巡查战
一周目结束后会从校园房间内醒来，收得到通知前往校长室。首席冠军也慈会邀请我们帮助她视察八个道馆，也就是要再次挑战八个道馆。同时在这里校长也会说要举办校园大赛。之后出发前往挑战八个道馆即可，所有馆主会派上等级更高宝可梦来对战，所有的道馆宝可梦等级都是65级以上。打完八个道馆后回到校园，和也慈对话后可以得到王者之证。
二、激斗校园大赛
完成道馆巡查战后在宿舍的床上休息，妮莫就会前来通知我们参与校园大赛，之后前往学校大厅报名参赛。激斗校园大赛需要先和三名训练家对战（校园老师，派帕），打赢后再与首席冠军也慈对战，四名训练家的宝可梦等级在65级~70级之间。完成对战后可以获得奖品运动帽。（二周目内容基本结束）
三、开启六星太晶团体战
挑战完八个道馆和完成校园大赛后，吉尼亚老师会打来电话说出现强力的太晶团体战。结束电话后参与10次四星及以上的太晶团体战，完成后吉尼亚老师会再打电话来说出现黑色结晶就可以开启六星太晶团体战。
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